Пишу о своей жизни, науке и компьютерах.

Электронная плотность и электрический потенциал для бета-аланина

23 марта 2013, 16:42

С помощью квантово-химических расчетов можно получать значения электронной плотности и электростатического потенциала в пространстве. Иногда получаются достаточно симпатичные визуализации. Картинка ниже получена при помощи программы MacMolPlt для молекулы β-аланина. Здесь плоскость, на которой изображен контурный график, проходит через азот 1, углерод 2 и водород 9. Красным отмечены изолинии положительного потенциала, синим — отрицательного, а черным — электронная плотность.

Beta-alanine

Из таких графиков достаточно легко можно судить о структуре электронных оболочек и предсказывать характер электростатических взаимодействий. Также можно сравнивать различные функциональные группы между собой.

Чтобы получить такой график в GAMESS или Firefly необходимо выполнить расчет задачи с типом RUNTYP=HESSIAN, затем добавить поверхности с контурами в программе MacMolPlt.

Входной файл можно скачать по ссылке: beta-alanine_hessian.inp.

Популярное